В рамках реформирования системы таможенных органов, предусмотренного Комплексной программой развития ФТС России на период до 2020 года, направленной на оптимизацию таможенного администрирования, 1 июля 2020 года произошла реорганизация Томской таможни путем её присоединения к Кемеровской таможне (приказ ФТС России от 26.12.2019 № 1970 «О реорганизации Томской и Кемеровской таможен»).
Асиновский таможенный пост, Томский таможенный пост и Томский таможенный пост (Центр электронного декларирования) переподчинены Кемеровской таможне, им присвоены новые коды. Структурные подразделения объединены. Регион деятельности объединенного таможенного органа увеличился, теперь он составляет Кемеровскую и Томскую область.
Из общей штатной численности Томской таможни 64,16 % должностных лиц перераспределены в штат Кемеровской таможни, 35,84 % – в другие таможенные органы Сибирского таможенного управления.
- Одна из первоочередных задач таможенной службы в условиях реорганизации и совершенствования структуры таможенных органов - максимально сохранить квалифицированные кадры. В связи с этим должностным лицам Томской таможни, попадавшим под сокращение, предлагалось рассмотреть варианты дальнейшего прохождения службы в таможенных органах других регионов, - прокомментировал ситуацию начальник Кемеровской таможни Андрей Полетаев.
В результате реформирования к 2021 году в Сибири практически всё декларирование будет осуществляться в Сибирской электронной таможне, открывшейся в августе 2019 года в Красноярске. Остальные таможни региона приобретут статус таможен фактического контроля. Они будут осуществлять закрытие таможенного транзита, проводить таможенные досмотры, использовать предусмотренные Таможенным кодексом Евразийского экономического союза формы и меры обеспечения фактического контроля, будут контролировать декларирование на бумажных носителях отдельных товаров и таможенных процедур, а также осуществлять контроль после выпуска товаров.